En noviembre de 1536, Javier junto con sus compañeros viaja a pie a Venecia, donde iba a reunirse con Ignacio de Loyola para emprender juntos la peregrinación a Tierra Santa. Después de dos meses de viaje llegaron a la ciudad y se reunieron con el maestro. Las naves para Tierra Santa partían en verano desde Venecia. Javier se dedicó a ayudar a los enfermos en el Hospital de Incurables.
Entretanto fueron a Roma a pedir la bendición del Papa Paulo III. De vuelta a Venecia, Turquía declaró la guerra a la ciudad, lo que les impidió emprender su viaje a Jerusalén. En junio de 1537, Javier fue ordenado sacerdote por el obispo de Vicenza.
La Venecia que conoció Javier estaba en decadencia a causa de la crisis del comercio marítimo provocada por el control turco de las rutas tradicionales. En la Plaza de San Marcos, junto a la basílica, al Campanile y al palacio ducal, acababan de construirse las procuradurías, la torre del reloj y la biblioteca.
Perdida ya la esperanza de poder partir, el Papa les convenció de que olvidaran su viaje y centraran su apostolado en Italia. Javier dijo su primera misa en Vicenza y ejerció su apostolado en Bolonia durante el invierno de 1537-1538.
En la primavera de 1538 Ignacio y sus discípulos se establecieron en Roma con el objetivo de que el Papa aprobara la Compañía de Jesús. Javier actúa como secretario de Ignacio en este proceso.
Entre tanto, se extendió el bulo de que Javier y sus compañeros habían sido acusados de herejes por la Inquisición e Ignacio tuvo que recurrir a los tribunales de justicia para defenderlos.
La austeridad de vida y la formación intelectual de los primeros jesuitas les hizo famosos y admirados en toda Roma. Por eso, el rey de Portugal Juan III y su embajador pidieron al Papa Paulo III que enviara a algunos de ellos a las misiones portuguesas de la India.

El movimiento cultural y artístico de los siglos XV y XVI se denomina Renacimiento, puesto que se vuelve a los modelos de la cultura griega y romana.
El Renacimiento sitúa al hombre en el centro del universo. Durante la época medieval la cultura había sido teocéntrica, porque su centro era Dios, y por ello los estudios más importantes eran los teológicos. En el Renacimiento, la cultura es antropocéntrica porque pone su centro de atención en el hombre.
Este movimiento nacido en Italia en el siglo XV se propagará por toda Europa en el XVI y en él encontramos muchos de los rasgos de nuestra sociedad occidental actual.
Los artistas del Renacimiento buscaron la belleza en la proporción y el equilibrio, en la finura del dibujo y la riqueza del color, siguiendo los esquemas del arte clásico de Grecia y Roma.

Características generales del arte renacentista:
- La búsqueda de la belleza artística en todos los aspectos.
- En pintura, se consigue el efecto de profundidad aplicando las leyes de la perspectiva en la representación de paisajes o de edificios, en contraste con los fondos dorados planos de los cuadros medievales.
- En escultura, se descubre la belleza del cuerpo humano y se cultiva el desnudo, prácticamente inexistente en la Edad Media, según los modelos del clasicismo griego.
- En arquitectura, destaca la preocupación por la proporción, el equilibrio y la simetría. Se recuperan las formas clásicas y los órdenes dórico, jónico y corintio.

Se llama Humanismo al movimiento intelectual del Renacimiento que revaloriza la dignidad del espíritu humano, enlazando la cultura de la época con la de la Antigüedad clásica. El Humanismo es, pues, el aspecto filosófico y literario del Renacimiento.
El humanista es el escritor, el pensador que no se limita al estudio de la teología, como en los siglos pasados, sino que da gran importancia al estudio de las ciencias humanas y en especial de las lenguas clásicas, latín y griego. Numerosas obras escritas en la Antigüedad y prácticamente olvidadas en el fondo de las bibliotecas fueron sacadas a la luz y estudiadas bajo nuevos puntos de vista.

Las ideas y los escritos de los humanistas tuvieron una gran difusión gracias a un invento de esta época: la imprenta. Antes de la imprenta se utilizó un sistema similar: la xilografía, que usaba para imprimir planchas de madera con el texto tallado; pero la imprenta propiamente dicha nació cuando se utilizaron letras móviles de metal, que permitían componer una página, entintarla y sacar copias mediante una prensa.
Se considera que un orfebre de Maguncia llamado Gutenberg inventó la imprenta hacia el año 1448.

El Humanismo tuvo su cuna en Italia, donde el recuerdo de la antigüedad romana era muy fuerte y lo gótico había tenido muy poca importancia.
A la influencia de lo latino viene a unirse la de la cultura griega desde que a finales del siglo XIV se establecen en Italia hombres de letras bizantinos, huidos del Imperio Turco.
La prosperidad económica de las ciudades italianas en los siglos XIV y XV hace que muchos nobles y burgueses se enriquezcan y destinen parte de su dinero a financiar obras literarias y artísticas: son los mecenas. Destacan los Médici de Florencia, ricos banqueros que llegan a regir la ciudad durante varias generaciones y la convierten en la cabeza del Renacimiento italiano, con obras de tanta belleza como la cúpula de la Catedral de Florencia y el Nacimiento de Venus de Botticelli.

A finales del siglo XV Florencia cede el protagonismo artístico a Roma, que se convertirá, desde el siglo XVI, en el gran foco artístico de Europa. Los Papas serán los nuevos mecenas de la época, en especial Julio II y León X.
Artistas de todas las regiones italianas acudirán a Roma para construir la nueva basílica de San Pedro. Miguel Ángel, Rafael y Leonardo son los tres grandes artistas del siglo XVI.