A comienzos de septiembre de 1545 Javier abandona la India rumbo a Malaca, a donde llega a finales del mismo mes tras recorrer 2.700 km. De allí, bordeando las grandes islas de Sumatra y Java y encadenando después la interminable serie de 4.000 islas de Indonesia, recorrerá por mar más de 6.000 km hasta llegar finalmente a las Molucas, ya muy cerca de Australia. La travesía duró más de siete meses.
En Malaca, como en Goa, se dedicó a predicar por los poblados y a traducir, como solía hacer en todas partes, las oraciones cristianas a la lengua local, en este caso el malayo, que aprendió rápidamente ya que, según todos los testimonios, tenía una extraordinaria facilidad para los idiomas.

El 1 de enero de 1546 partió de Malaca para las Molucas. El viaje de Malaca a Ambón, principal isla del archipiélago, duró mes y medio. Por fin la expedición desembarcó en el pueblecito de Hatiwi, donde fueron recibidos con alegría por los nativos y los portugueses del lugar.
Las Molucas fueron el principal escenario del trabajo de Javier. Durante 16 meses visitó las principales islas de este archipiélago y confirmó en la fe a los cristianos del lugar.
Cuenta la tradición que en un viaje a la isla de Ceram, tierra de cazadores de cabezas humanas, perdió el crucifijo durante una tormenta marítima. Al desembarcar en la playa, un cangrejo salió del mar y se lo devolvió.
La pervivencia actual del cristianismo en estas islas guarda sin duda una estrecha relación con el paso del santo. En Ambón, la sencilla catedral lleva su nombre y su historia resulta familiar entre los católicos de hoy. Lo mismo puede decirse de Ternate, Seram o Morotai, otras escalas de sus viajes.
La isla de Ambón tiene un perímetro de menos de cien kilómetros. En tiempos de Javier los habitantes eran una mezcla de alfures (los primitivos ocupantes), inmigrantes papúes llegados del este y javaneses venidos del oeste. Se hablaban muchos idiomas, pero el malayo estaba muy extendido como lengua franca. Javier predicó en los "siete lugares cristianos" de Ambón, es decir, los siete pueblos en los que había cristianos.
Desde allí, Javier fue recorriendo el archipiélago de isla en isla acompañado por el joven Manuel, hijo del jefe del pueblo de Hatiwi, que le servía de intérprete.

En una embarcación de remo y vela, después de una breve escala en la isla de Buru, Javier llegó a Ternate, última posición de los portugueses en el Extremo Oriente, a unos 500 km de Ambón. Era julio de 1546. El misionero fue muy bien acogido por la colonia portuguesa. Estaba al mando de la fortaleza el capitán Jordán de Freitas, a quien el jesuita navarro había conocido en Goa tres años antes.
Javier no se entretuvo demasiado en Ternate. Cuando apenas llevaba dos meses, emprendió de nuevo el viaje hacia las islas del Moro, hoy llamadas Morotai. Hacía más de doce años que ningún sacerdote se había atrevido a arribar a sus costas. Sus predecesores habían muerto a manos de los isleños.
"Muchos de mis amigos y devotos procuraron conmigo que no fuese a tierra tan peligrosa; y viendo que no podían acabar conmigo en que no fuere, me daban muchas cosas contra ponzoña."
A última hora los amigos del santo recurrieron al extremo de negarle la embarcación para la travesía. Por fin, pudo partir, desembarcó en Morotai y predicó el Evangelio entre los temibles nativos.
Los nativos, según la descripción del santo, eran muy atrasados: no sabían leer ni escribir y desconocían el dinero, el oro, la plata, los pesos, las medidas, los mercados y los tejidos. La indumentaria de hombres y mujeres era el tjidako, un corto delantal hecho de membrana de árbol.

Malaca era en aquel momento un gran puerto comercial portugués, opulento y cosmopolita, abarrotado de navíos y lleno de actividad. Javier estuvo en Malaca cinco veces entre septiembre de 1545 y diciembre de 1552. En cierto sentido, Malaca fue el cuartel general del jesuita navarro en sus desplazamientos a los territorios vecinos de las Molucas, Macasar, Ambón y las Islas del Moro, y también desde Malaca partió para la última empresa de su vida: el intento de llevar el evangelio a China.
Malaca estaba al resguardo de los temibles monzones, lo que hacía de ella un lugar inmejorable para puerto comercial. En él confluían mercaderes europeos, indios, árabes y chinos. Poseía una posición estratégica envidiable en el estrecho de Malaca, paso obligado de las rutas comerciales entre Occidente y Oriente. En su puerto se agolpaban innumerables barcos cargados de tejidos, tapices, opio, incienso, pimienta, clavo y otras especias, algodón lienzos, alfombras, acero, conservas, arroz, oro, laca, herrajes, maderas preciosas, alcanfor, sedas y porcelanas.
La importancia comercial y estratégica de Malaca llevó a los portugueses a ocuparla en 1511 (Alfonso de Alburquerque), para hacer de ella base del lucrativo tráfico de las especias de las Molucas. En 1580 la unión de Portugal con España hizo pasar a segundo plano los intereses portugueses. Más tarde los holandeses, en guerra de independencia con España, arrebataron Malaca a los portugueses en 1641.

Indonesia es un inmenso archipiélago que va desde las costas de Malasia hasta casi tocar tierras australianas. El lema del estado indonesio es “Bhinneka Tunggal Ika”, es decir, "Unidad en la diversidad". Es sin duda muy apropiado para la increíble diversidad de este país: 17.000 islas y 220 millones de habitantes se dividen entre 300 grupos étnicos, que hablan 250 lenguas diferentes. El país en conjunto tiene una extensión de 1,9 millones de km2 y la densidad de población supera los 110 habitantes por km2.
Casi en el centro de este archipiélago se encuentran las Molucas: 999 islas de muy variados tamaños, muy distintas del resto de Indonesia por su flora, fauna y rasgos culturales. La población es una mezcla de austranesios y polinesios. La riqueza de fauna es extraordinaria: sólo entre las aves hay catalogadas 265 especies, de las que 195 no se encuentran en ningún otro lugar del globo.