1545eko irailaren hasieran Xabier India utzi eta Malaka aldera abiatzen da. Hilabete bukaeran iristen da bertara, 2.700 kilometro egin ondoren. Handik, Sumatra eta Javako uharte handien ertza segituz, eta gero Indonesiako 4.000 uharte eta uhartetxoetan batetik bestera saltoka, 6.000 kilometro baino gehiago eginik Moluketara iritsi zen, Australiatik hurbil. Zazpi hilabete baino gehiagoko itsasaldia, osotara.
Malakan, Goan bezala, herriz herri predikatzen ibili zen, eta beste tokietan bezala bertako hizkuntzara itzuli zituen kristau otoitzak, kasu honetan malaierara, oso agudo ikasita. Xabier, izan ere, eta lekuko guztiek aho batez diotenez, oso iaioa zen hizkuntzak ikasteko.

1546ko urtarrilaren 1ean Malakatik atera zen Moluketara bidean. Malakatik Anbonerako bidaiak (uhartedi hartako uharte nagusia) hilabete eta erdi iraun zuen. Azkenik espedizioa Hatiwiko portuan lehorreratu zen, eta indigenen eta bertako portugesen harrera beroa jaso zuen.
Moluka uharteak Xabierren jarduleku nagusia izan ziren. 16 hilabetez uhartediko uharte nagusiak bisitatu eta bertako kristauen fedea sendotu zuen eginahalean.
Tradizioak nahi duenez, Zerameko Uhartera zihoaneko batean (gizaburu-ehiztarien lurra da hura) Xabierrek bere gurutzefika galdu zuen itsas erauntsi batean. Lehorreratu eta hondartzan zela, hara non karramarro bat uretatik atera eta ekarri dion eskura.
Kristau fedeak irla haietan gaur arte iraun badu, dudarik gabe santuaren egonaldiari esker izan da partez behintzat. Anbongo katedral xumeak Xabierren izena du eta haren historia oso ezaguna da gaurko katolikoen artean. Beste hainbeste gertatzen da Ternaten, Seramen edo Morotaien, bere bidaiako beste eskala batzuk.
Anbongo uharteak ehun kilometro baino gutxiagoko perimetroa du. Xabierren denboran hango bizilagunak partez alfurrak ziren (jatorrizko biztanleak), eta partez papuak eta mendebaletik etorritako javanesak. Hizkuntza asko egiten ziren, baina malaiera oso lingua franca zabaldua zen irla guztietan. Xabierrek Anbongo "zazpi kristau herrietan" predikatu zuen.
Handik uhartez uharte predikatzen joan zen, Manuel gaztea lagun, Hatiwiko buruzagiaren semea, interprete lana egiten baitzion.

Arraun eta belarekiko ontzi batean, Buru uhartean eskalatxo bat eginda, Xabier Ternatera iritsi zen, portugesek ekialde urrutian zuten azken ezargunea, Anbondik 500 kilometrora. 1546ko uztaila zen. Portuges koloniak oso harrera ona egin zion misiolariari Jordan de Freitas kapitaina zegoen bertako gotorlekuaren buruzagi, hiru urte lehenago Xabierrek Goan ezagutu zuena.
Xabier ez zen asko luzatu Ternaten. Han bi hilabete zituela, berriz atera zen bidaian Moro uharteetarantz (gaur Morotai deituak). Hamabi urte baino gehiago ziren apaiz bakarrik ere ez zela hango kostetara inguratu. Haren aurrekoak, gainera, uharteko bizilagunek hil zituzten.
"Nire adiskide eta debot asko eginahalean aritu zaizkit ez joateko halako lur arriskutsu batera; eta ikusirik ezin nindutela joatetik istitu, pozoien kontrako botika asko ematen zizkidaten." Azken orduan, santuaren adiskideak santuari itsasontzia kentzen ere saiatu ziren. Noizbaiteko batean itsasoratu eta Morotaien lehorreratu zen, bertako bizilagun beldurgarrien artean ebanjelioa predikatzera.
Indigena haiek, santuak deskribatu zizkigunez, oso atzeratuta zeuden: ez zekiten irakurtzen ez idazten eta ez zekiten zer zen dirua, urrea, zilarra, pisuak, neurriak, merkatuak, oihalak eta abar. Gizon zein emakumeen janzkera tjidako, delakoa zen, arbol zuntzez egindako mandar motza.
Anbonera itzulirik, 1547ko maiatzaren 15ean Malaka aldera abiatu zen, Bandako errege ontzian. Espedizioak ipar mendebalerantz hartu zuen erruta, itsas zabaletik, Timorko uhartedia bistaratu arte. Handik, Flores, Sumbawa, Lombok, Bali, Java eta Sumatrako uharteen ertzetik segitu zuen Malaka jo arte, 1547ko uztailaren hasieran. Handik Goara itzultzeko asmoa zuen, ordu arte egindako guztia sendotzeko.

Malaka, orduan merkatari portu portuges handiena zen, aberatsa eta kosmopolita, ontziz mukuru eta denetariko jardunez betea. Xabier bost aldiz egon zen Malakan, 1545eko irailetik 1552ko abendura. Nolabait esan, Malaka nafar jesuitaren kuartel nagusia izan zen, handik aldameneko lurraldeetara joateko: Molukak, Makasar, Anbon eta Moro uharteak. Malakatik atera ere zen bere bizialdiko azken saiorako: Ebanjelioa Txinara eramatea.
Malaka montzoietatik babestuta zegoen eta horregatik toki ezin hobea zen portu komertziala izateko. Han, Europako, Indiako, Arabiako eta Txinako merkatariek bat egiten zuten. Kokaera estrategiko izugarri egokia zuen Malakako itsasartean, Mendebalaren eta Ekialdearen arteko merkataribideen ezinbesteko pasabidea baitzen. Malakako portuan ezin konta ahala ontzi egoten ziren, oihalez, tapizez, opioz, intsentsuz, piper hautsez, 0iltze eta beste anitz espeziaz, algodoiez, mihisez, altzairuz, kontserbaz, arrozez, lakaz, zur preziotsuez, alkanforrez, zetaz eta portzelanaz kargaturik.
Malakak hainbesteko garrantzi komertzial eta estrategikoa zuela ikusirik, portugesek hartu egin zuten 1511n, Alfonso de Alburquerqueren eskuz, handik Moluketako espezia-salerosi irabazitsua beretzeko asmoan. 1580an, Portugal Espainiarekin batu zelarik, portugesen interesak atzean xamar geratu ziren. Beranduago holandesek, Espaniatik bereizteko gerran, kendu egin zieten Malaka portugesei 1641ean.

Indonesia artxipelago gaitza da, Malasiako kostetatik hasi eta ia Australiarainokoa. Indonesiako estatuaren ikur-hitza Bhinneka Tunggal Ika da, hau da, "aniztasunean bat". Oso lema egokia da dudarik gabe herri honen aniztasun ikaragarrirako: 17.000 uharte eta 220 milioi biztanle, 300 telde etnikotan banatuak, 250 hizkuntza desberdin mintzatzen dituztenak. Herria, oro har, 1,9 milioi km2ko azalera du eta biztanle dentsitatea km2ko 110 biztanle bat baino gehiagokoa da.
Uhartedi horren erditsuan Molukak daude: 999 uharte tamaina askotakoak, gainerako Indonesiatik oso bereziak floraz, faunaz eta ezaugarri kulturalez. Biztanleak austranesio eta polinesiozko nahasketa bat dira. Fauna aberastasuna ikaragarria da: 265 hegazti espezi katalogatu dira, adibidez, eta haietatik 195 ez dira hemen baizik aurkitzen munduan.