Desde Ternate, regresó Javier a Ambón para dirigirse a Malaca y desde allí a Goa, en la India. Embarcó en La Banda, una nao real, anclada en el puerto de Ambón. La expedición puso rumbo al noroeste por mar abierto hasta avistar las islas del archipiélago de Timor y continuó después, junto a las costas de Flores, Bali, Java y Sumatra, hasta llegar a Malaca a comienzos de julio de 1547.
Un barco portugués, arrastrado por un tifón, había descubierto casualmente la isla del Japón, la famosa Cipango que había visto Marco Polo. Aquellos navegantes salvaron la vida de un japonés llamado Yahiro, perseguido por la justicia de su país. Este personaje tenía una inteligencia muy despierta y un gusto apasionado por la novedad. Oyó hablar de un gran sacerdote occidental que residía en Malaca y quiso conocerlo. Fue este encuentro (1547) y la amistad que nació de él lo que despertó en Javier el deseo de viajar a Japón.
Regresó Javier a Goa para consolidar todo lo trabajado hasta entonces y emprender después su viaje a Japón. Partió de Goa el 15 de abril de 1549. Le acompañaban dos jesuitas españoles, el padre Cosme de Torres y el hermano Juan Fernandez, además de Yahiro y dos criados.
Sin embargo tuvo muchas dificultades en Malaca para encontrar un barco. Todas las embarcaciones querían invernar en las costas de China, con lo que se perdía un año entero. Finalmente el navarro recurrió al junco de un pirata chino que consintió en llevarlo. Rodeando las costas de Indonesia y China, en medio de tormentas y tifones (era tiempo de monzón) y huyendo de otros piratas, llegaron por fin a Kagoshima.

Japón era una civilización de raíces milenarias, asentada en un inmenso archipiélago y protegida del contacto con el exterior por el mar. A mediados del siglo XVI mantenía pocas relaciones con otros países, salvo con China y esto de forma irregular. Poseía una cultura refinada y practicaba las religiones sintoísta y budista, que tenían grandes monasterios, donde los bonzos ejercían como maestros religiosos e intelectuales.
Desde 1467 Japón vivía en la anarquía política y militar. La autoridad del emperador era puramente nominal, pues delegaba el gobierno efectivo en un shogun, canciller o valido, que a mediados del siglo XVI tampoco gobernaba todo el territorio japonés. De hecho el poder estaba fragmentado, en manos de los señores feudales, los daimyos. Había más de doscientos, pero sólo una veintena eran de primer rango.
La anarquía feudal debilitaba a Japón y lo mantenía en la impotencia pero favoreció el comercio exterior y la difusión del cristianismo. Los daimyos del litoral meridional querían obtener armas y productos portugueses, por lo que aceptaron la presencia de comerciantes y misioneros.
El 15 de agosto de 1549 Javier y sus acompañantes llegaron a Kagoshima, el puerto más meridional del Japón, situado en la isla de Kyoshu, una de las cuatro grandes que forman el archipiélago. Era la ciudad de Yahiro, que actuó como introductor de los recién llegados. Después de obtener el permiso del daimyo de Satsuma, llamado Shimadzu, permanecieron un año en la región de Kagoshima.
Javier afrontaba una situación diferente. El japonés era un pueblo intelectual y moralmente superior a los que antes había conocido: "Son los japoneses más sujetos a la razón de lo que nunca jamás vi en gente infiel; tan deseosos de saber que nunca acaban de preguntar y de hablar a los otros las cosas que respondíamos a sus preguntas". Comenzó a predicar en la calle, pero luego prefirió el trato personal, en los domicilios, mediante conversaciones y disputas, en las cuales va apreciando la profundidad del alma japonesa. Las conversiones son fruto de la argumentación y la discusión, se producen por convicción, lentamente. Después de un año ha convertido a 150 personas en Kagoshima, empezando por la familia de Yahiro. Se completan con otras quince en el vecino castillo de Ichiku, pertenecientes a la familia del señor feudal.
En la vecina islita de Hirado pasó tres meses (agosto-octubre de 1550) y formó una comunidad de un centenar de nuevos cristianos.
La siguiente etapa estuvo definida por el paso a la isla de Honshu, la más grande del Japón y sede de sus instituciones centrales, en la que estuvo casi un año, de noviembre de 1550 a septiembre de 1551. Javier quiere llegar al corazón del país. Se dirigió a Yamaguchi, donde predicó durante un mes y fue recibido por el daimyo Yoshitaka, aunque con poco fruto. A mediados de diciembre decide ir a la capital, Miyako o Meaco (actual Kioto) con el objetivo de que el emperador le concediera permiso para predicar el cristianismo en todo el país. Es un viaje duro, en lo más crudo del invierno, hecho por tierra y mar, soportando fríos y nieves, sorteando peligros. La desilusión fue grande: la ciudad estaba en ruinas y no consiguió una audiencia del emperador ni del shogun. Desilusionado, regresó de nuevo a Hirado.
Volvió a Yamaguchi y se presentó al daimyo Yoshitaka, a quien dio los regalos traídos desde la India para el emperador. Les concedió permiso para predicar el cristianismo y dio licencia para que sus súbditos pudieran convertirse. Tras cinco meses de intensas predicaciones, logró convertir a un millar de personas, que formaron una fervorosa comunidad cristiana en Yamaguchi.
En septiembre de 1551 dejó Yamaguchi y volvió a la isla de Kyoshu, llamado por otro daimyo, el gran señor feudal de Bungo, Otomo Yoshisigue, que decía querer abrazar el cristianismo, pero que no se convirtió hasta 1578. Una nave portuguesa que había recalado allí le trajo noticias de la India y en noviembre de 1551 se embarcó en ella para volver a la India.

En los años siguientes al viaje de Javier el cristianismo se desarrolló rapidamente, de tal forma que en 1570 los cristianos eran más de 30.000. A partir de 1587 comenzaron las persecuciones contra ellos, que duraron dos siglos y medio. Durante la era Tokugawa el shogun restableció el orden en el imperio, que se cerró sobre sí mismo y persiguió ferozmente a los cristianos. En 1597 en Nagasaki fueron ejecutados los 26 mártires del Japón, presididos por San Pablo Miki. A principios del siglo XVII la persecución se recrudeció, se expulsó a los misioneros, se prohibió el cristianismo y más de 5.000 cristianos murieron en medio siglo. Muchos cristianos mantuvieron en secreto su fe y la transmitieron de generación en generación hasta que a partir de 1865-1873 recobraron la libertad de culto.

El sintoísmo es una religión exclusiva de Japón y también la mayoritaria en la isla. Su filosofía ha influido tanto en la historia nacional como en el carácter del pueblo. Conocido en japonés con el término Kami-No-Machi, camino de los dioses, el sintoísmo tiene su origen en los mitos de los pueblos tribales del antiguo Japón, quienes creían ser los únicos pobladores de la Tierra y los descendientes de los dioses.
Los seguidores del sintoísmo rinden culto al espíritu del dios Kami que tiene presencia en todas las cosas. Las deidades menores son los kami locales, los cuales protegen cada poblado en particular, así como los campos de cultivo de cada familia. La divinidad suprema es la diosa del sol Amaterasu, venerada en los templos imperiales de Ise en la Península de Shima, en Honshu, donde se conservan los espíritus de todos los emperadores que ha tenido Japón.
Los templos sintoístas --en japonés jinja-- se encuentran repartidos por todo Japón. A la entrada de cada templo se encuentra una fuente con agua adonde acuden los fieles para limpiarse las manos y enjuagarse la boca antes de realizar una ofrenda. El acceso a los jinja se identifica fácilmente gracias a una puerta --llamada torii-- formada por dos vigas verticales y dos horizontales y flanqueada por dos estatuas que representan a una bestia mezcla de león y perro. Una de las figuras tiene la boca abierta y la otra cerrada. Simbolizan los sonidos "Ah" del nacimiento y "Mm" de la muerte. Los visitantes de los templos pasan en medio de las dos estatuas y con ello se les recuerda que la distancia entre la vida y la muerte es muy corta.
En el sintoísmo no existen libros sagrados ni escrituras. Sus rituales y ceremonias consisten en recibir la bendición de los dioses para actividades o acontecimientos específicos. Esas bendiciones forman parte de la vida diaria de los japoneses y las ofician los ministros sintoístas, que utilizan unos amplios trajes largos y unos altos sombreros de seda lacada, conservando un estilo que no ha cambiado en mil años.
El confucianismo, que llegó a Japón a través de los comerciantes chinos, tuvo sobre las creencias sintoístas una influencia importante que aún se aprecia en las tradiciones de la sociedad japonesa contemporánea. El confucianismo es un código ético que recalca, como una de sus más importantes reglas, la lealtad hacia la familia de la que el padre es la cabeza. Esta idea, junto con la creencia sintoísta de que los espíritus de los muertos seguían vivos, produjo en el Japón tradicional la cultura patriarcal de rendir culto a los antepasados.
El emperador, como dios (kami) viviente, recibía el homenaje del pueblo por considerarse el padre simbólico y literal de la familia constituida por el pueblo japonés. Tales creencias se mantuvieron hasta la Segunda Guerra Mundial, en la que los escuadrones de pilotos suicidas sacrificaban sus vidas por defender la del emperador.
Parte de esa influencia sigue siendo palpable en la actitud patriarcal de los empresarios japoneses hacia los trabajadores y en la lealtad que reciben de sus empleados.
Es de notar que las creencias sintoístas no son un obstáculo para practicar otras religiones. En muchas casas de Japón se puede ver conjuntamente una ofrenda sintoísta para los antepasados, una estatua budista y un crucifijo católico.
El sintoísmo, que hace hincapié en la pureza básica de todas las cosas, funcionó como caldo de cultivo para la asimilación del budismo. Ambas escuelas de pensamiento no se han fusionado nunca, pero aún así son seguidas por la mayoría de los japoneses. En realidad, muchos templos budistas contienen dentro de su recinto un templo sintoísta o están muy cerca de uno. Los japoneses hacen uso de los rituales de una u otra religión en las ocasiones señaladas de su vida; así, por ejemplo, el matrimonio suele ser una ceremonia sintoísta mientras que los funerales suelen ser budistas.

La religión es en Oriente sobre todo meditación y reglas de vida. Por ello la influencia en la sociedad ha sido muy importante. El brahmanismo ha configurado la organización social de la India y el confucianismo ha presidido la vida política de China.
Entre la variedad de movimientos religiosos orientales destaca el budismo, que es una de las grandes religiones de Asia. Surge en la India, donde nació su fundador Siddharta Gautama, llamado Buda, que fue probablemente un príncipe que vivió en el siglo VI a. C. en el Nepal y predicó sus ideas en la cuenca media del Ganges.
Hoy en día el budismo ha desaparecido prácticamente de la India pero se extiende por Ceilán, Birmania, Tailandia, Camboya, Laos, Tíbet, Vietnam, China y Japón. Cuenta con más de 800 millones de adeptos.
La doctrina de Buda desprecia todo conocimiento que no conduzca directamente a la salvación, o sea, a la liberación del proceso de reencarnación. Según el Buda, lo que lleva a los seres vivientes de reencarnación en reencarnación es el deseo, la voluntad de vivir. Si el hombre mata en sí todo deseo, incluso la voluntad de vivir, no vuelve a nacer y entra en el nirvana, estado en el que el hombre queda libre de la reencarnación y el dolor.

El principio general del arte japonés está definido por esta frase del filósofo Suzki Daietsu: "La belleza no está en la forma, sino en el significado que esta encierra."
Según Fernando García Gutiérrez S. I., las características generales del arte japonés, que se repiten de una forma u otra en todos los períodos de su historia, son las siguientes:
- Conexión íntima del arte con la naturaleza, de la que frecuentemente es expresión. No se copia la naturaleza, sino que se toman los elementos esenciales de la belleza que se encuentra en ella, que se reproducen de una forma abstracta y simplificada.
- Sencillez o simplicidad esencial, que resulta de la misma conexión con la naturaleza y que lleva al empleo de formas abstractas.
- Tendencia hacia las formas decorativas: riqueza en la composición, que tiene carácter rítmico y claridad cromática.
- Gran facilidad para asimilar estilos y tendencias de fuera hasta llegar a darles personalidad propia.
El ejemplo más cercano de arte japonés es el parque de Yamaguchi, en Pamplona, y las obras pictóricas conservadas en el castillo de Javier.

Japón, archipiélago situado en la costa del continente asiático, es una de las naciones más pobladas del mundo. Tiene 127 millones de habitantes, que se distribuyen en 378.000 km2, lo que supone una densidad de 335 habitantes por km2. Como abundan bosques y montañas, la población aún se concentra más en ciertas zonas urbanas. La capital, Tokyo, sobrepasa los 8 millones de habitantes y en toda su región se reúnen más de 31 millones. Otras 11 ciudades superan el millón de habitantes.
Japón es la monarquía más antigua del mundo, cuya actual constitución democrática fue redactada en 1949, después de la derrota en la Segunda Guerra Mundial, que dio lugar a importantes reformas.
Desde entonces se intensificó la modernización e industrialización del Japón, emprendidas desde el inicio de la Era Meiji (1867). En el año 2000 Japón aportaba el 15% del producto interior bruto (PIB) del mundo y su renta per cápita estaba cercana a los 25.000 dólares. Es la tercera economía mundial después de USA y Europa.
Su singularidad radica en que sus formas de vida están más emparentadas con Europa Occidental o Estados Unidos que con los países vecinos de Asia, aunque sigue conservando las esencias de su civilización tradicional.