Ternatetik Anbonera itzuli zen Xabier, handik Malakara, eta gero Goara, Indian. Hartarako La Banda delako errege itsasontzia hartu zuen, Anbongo portuan aingura botata zegoena. Espedizioak ipar-mendebalera egin zuen bela, itsas zabaletik, Timorko uhartedia bistatu arte, eta gero Flores, Bali, Java eta Sumatrako kosten hurbiletik segitu, 1547ko uztailaren hasieran Malaka jo arte.
Tifoi batek eramanda ontzi portuges batek kasualidadez aurkitu zuen Japongo uhartea, Marco Polok behiala ikusitako Zipango famatua. Itsasgizon portuges haiek hiltzetik salbatu zuten Iagiro izeneko japones bat, bere herriko justizia orpotik zuena. Japones hura oso adimen ernekoa eta oso berrizalea zen. Aditu zien portuges haiei nola Malakan ekialdeko apaiz handi bat aritzen zen predikatzen, eta ezagutu nahi izan zuen. Ezagutza hark (1547) eta ondorengo adiskidetasunak piztu zioten Xabierri Japonera joateko irrika.
Xabier Goara itzuli zen ordu arte egindako lana sendotu eta gero Japonerako bidaia hasteko asmotan.
1549ko apirilaren 15ean atera zen Goatik. Bi jesuita espainol zeramazkien laguntzat: aita Cosme de Torres eta Anaia Juan Fernández, eta horrez gain Iagiro eta bi otsein.
Baina neke gogorrak izan zituen Malakan ontzi bat aurkitzeko. Ontzi guztiek Txinako kostetan gelditu nahi zuten negu-pasa, eta horrek urtebete galtzea esan nahi zuen. Azkenik gure santua Txinako pirata baten ontzian sartu beharrean gertatu zen, beste inork eraman nahi ez eta. Indonesia eta Txinako kostatik urrundu gabe bela eginez, ekaitz eta tifoien artean (montzoiaren sasoian baitzeuden) eta beste piratetatik ihesi, Kagoximara iritsi ziren noizbaiteko batean.

Japongo zibilizazioak milaka urteko erroak eginak zituen bere artxipelagoan, itsasoak kanpoaldetik bakartuta zeukala. XVI. mende erdialdean harreman gutxi izaten zituen beste herriekin, non ez zen Txinarekin, eta harekin ere aldian behin baizik ez. Oso kultura sotila zuen eta erlijiotzat sintoismoa eta budismoa zeuzkan. Horiek monasterio handiak zituzten uharte guztian, non bontzoak erlijio eta jakiunde maisu aritzen ziren.
1467az geroz Japon anarkia militar eta politikoan bizi zen. Enperadorearen autoritatea izen hutsa zen, xogun baten eskuetan uzten baitzuen agintea (Espainiako valido baten baliokidea). XVI. mende erdialdean xogun horrek ere ez zuen Japongo lurralde osoa bere eskuko. Agintea zatikaturik zegoen, daimio direlako jauntxo feudalen eskuetan. Berrehun daimio baino gehiago zeuden, baina hogei bakarrik ziren lehen lerrokoak.
Anarkia feudal honek ahulduta eta ezinduta zeukan uhartea, baina aldi berean kanpoaldeko komertzioa eta kristautasunaren hedakuntza ere bultzatzen zituen. Izan ere, Hegoaldeko daimioek portugesengandik armak eta salgaiak eskuratu nahi zituzten, eta hortaz onartu zuten komertziante eta misiolariak uhartera etortzea.
1549ko abuztuaren 15ean Xabierrek eta lagunak Kagoximara iritsi ziren, Japongo hegoalde muturreko portua baita, Kiuxu delako irlan, artxipelagoa osatzen dituzten uharteetatik handienetako bat. Kagoxima Iagiroren jaioterria zen eta berak eman zien sarbide Japonen etorri berriei. Satsumako daimioak, izenez Shimadzuk, baimena eman zielarik, urtebete egon ziren Kagoxima alde hartan.
Xabierrentzat egoera berria zen. Japongo herria, izan ere, ordu arte ezagutu zituen besteak baino askoz gorago zegoen adimenez eta moralez: "japonesak beste inongo fedegabeak baino arrazoi zuzenagoko jendea dira; hain dute handia jakinmina non atergabe galdetzen dizkidaten mila gauza eta atergabe kontatzen dieten besteei zer erantzun diedan." Kalean hasi zen predikatzen, baina aurki buruz buruzko harremana hobetsita, etxeetara sartzen zen eta solasetan eta eztabaidetan parte hartzen, eta horietan japones arimaren sakontasunari ohartzen zitzaion. Kristau berriak hainbat argudio eta eztabaidaren ondoren sortzen dira, konbikzioak hartaratuta, astiro. Urte baten buruan, 150 kristau berri egin ditu Kagoximan, Yahiroren etxekoak aurrenekoak direla.
Hurbileko Itxiku gazteluan beste hamabost lagun kristautuko ditu, jaun feudalaren familiakoak.
Handik hurbil, Hiradoko uhartetxoan, hiru hilabete eman zituen (1550eko abuztutik urrira) eta ehun inguru kristau berri egin.
Hurrengo etapan Honxuko uhartera pasatu zen, Japongo uharterik handiena, bere instituzio zentralen ezarlekua. Han ia urtebete egon zen, 1550eko azarotik 1551ko irailera bitarte. Xabierrek Japongo bihotzeraino iritsi nahi du. Jamagutxira jo du, non hilabetez predikatu eta Joxitaka daimioak errezibitu zuen, nahiz eta fruitu gutxirekin. Abendu erdialdean Miako hiriburura joate a erabakitzen du (gaurko Kioto), enperadorearengandik erdiesteko kristautasuna uharte osoan predikatzeko baimena. Bide gogorra izan zen, negu gorrienean, urez eta lehorrez, hotza eta elurra jasanez, arrisku handiekin artean. Emaitza eskasa izan zen: Hiria aurriturik zegoen eta ez enperadoreak ez xogunak ez zioten entzunaldirik eman nahi izan. Etsita, Hiradora itzuli zen.
Jamagutxira itzuli eta Joxitaka daimioaren aurrean agertu zen eta Indiatik enperadorearentzat ekarritako opariak berari eman zizkion. Hark kristautasuna predikatzeko baimena eman zion eta bere sujetei ere baimena eman zien nahi zuena libre kristautu ahal izateko (apirila). Bost hilabetez gogor saiatu ondoren, mila bat jende kristautu zituen, eta horrela kristau balderna sutsua sortu zuen Jamagutxin.
1551ko irailean Jamagutxi utzi eta Kiuxu uhartera itzuli zen, beste daimio batek hara deituta: Otomo Yoxisige Bungoko jaun feudal handiak, zeinak kristau bihurtu nahi omen zuen. Ez zen hala ere 1578 arte kristautu. Bungon zela, Portuges ontzi batek han aingura botata, Indiako albisteak ekarri zizkion eta harako itsasoratu zen berriz 1551n.

Xabierren egonaldiaren ondotik agudo zabaldu zen kristautasuna eta 1570erako kristauak 30.000 baino gehiago ziren. 1587az geroztik hasi ziren haien kontrako jazarraldiak, eta mende eta erdi iraun zuten. Tokugawa delako aroan xogunak ordena berrezarri zuen inperioan. Japon bere baitan itxi zen eta lazki pertsekutatu zituen kristauak. 1597an, Nagasakin, Japongo 26 martiriak hil zituzten, San Pablo Miki buru zutela. XVII. mendearen hasieran pertsekuzioa berretu zen, misiolariak Japondik kasatu, kristautasuna debekatu eta mende erdi batean 5.000 baino gehiago kristau hil ziren. Kristau askok eutsi egin zioten beren fedeari agintarien isilik eta belaunez belaun transmititu harik eta 1865-1873 urte inguruan berriz erlijio askatasuna erdietsi zuten arte.

Sintoismoa Japonen soilik dagoen erlijioa da, bertako erlijio nagusia, izan ere. Sintoismoko filosofiak bai Japongo historian eta bai japonesen izaeran eragina izan du. Japonieraz Kami-No-Machi du izena, hau da, "jainkoen bidea". Sintoismoaren iturburua dira antzinako Japongo herri tribalen mitoak; herri horiek, izan ere, uste zuten Lurreko biztanle bakarrak zirela, jainkoen ondorengoak.
Sintoistek Kami jainkoaren espiritua gurtzen dute, gauza guztietan presente egoten dena. Beheragoko beste jainko batzuk ere badira: kami txikiak; horiek herri jakin bakoitza babesten dute eta bai familia bakoitzaren alorrak ere. Gorengo jainkoa eguzkiaren jainkosa da, Amaterasu, Xima penintsulako Ise tenpluetan gurtua, Honxun, non Japonek izan dituen enperadore guztien espirituak gordetzen diren.
Tenplu sintoistak -japoneraz jinja deituak- Japon osoan aurkitzen dira. Tenplu bakoitzaren sarreran iturri bat egoten da, zeinera sinestunak eskuak eta ahoa garbitzera etortzen diren eskaintza bat egin aurretik. Erraz antz ematen zaio jinja horietako sarbideari, torii izena duen eta bi habe etzanez eta bi habe zutez osatutako ate bati esker. Bi estatua izaten ditu alde bietara, erdi lehoi erdi zakur. Irudi horietako batek ahoa zabalik du, besteak berriz itxirik. Bi soinuren irudikapena dira: jaiotzean egiten den “Ah” soinua eta hiltzean egiten den “MM” soinua. Tenpluetara etortzen direnek bi estatua horien erditik pasatu eta hortaz oroitzen dira bizitzatik heriotzarako tartea oso txikia dela.
Sintoismoan ez dago liburu sakraturik edo eskriturarik. Erritualak eta zeremoniak jainkoen bedeinkazioa hartzea dira jarduera ego gertaera jakin baterako. Bedeinkazio horiek japonesen eguneroko bizitzako osagai dira eta ministro sintoistek egiten dituzte. Jantzi luze aseak erabiltzen dituzte eta zeta lakatuzko kapelu altuak, mila urtetan aldatu gabeko estilo batean eginak.
Konfuzianismoa Txinako merkatarien bitartez iritsi zen Japonera eta eragin handia izan zuen sinesmen sintoisten gainean, gaur egungo Japonen oraindik garbi ageri denez. Konfuzianismoa kode etikoa da, eta arau inportanteen artean familiarenganako eta familiburuarenganako (aita) leialtasuna du. Ideia honek eta bai hildakoek bizirik irauten dutelako sinesmenak arbasoen kultua bezalako kultura patriarkala sortu zuen lehengo Japon tradizionalean.
Enperadoreari, jainko biziduna baita (kami), herriak gur egiten zion, herri japonesak osatzen zuen familiaren aita sinbolikoa zelako. Sinesmen horiek bigarren gerra mundialera arte iraun zuten indartsu, eta horrela ulertzen da nola piloto suiziden eskadroiek beren bizitza ematen zuten enperadorearena babesteko.
Eragin horren parte bat behintzat oraindik ikusgai da enpresaburu japonesek langileenganako izaten duten jarrera paternalistan eta haiengandik hartzen duten begirunean.
Sintoismoa ez da oztopo izaten beste erlijio batzuk praktikatzeko. Japongo etxe askotan elkarren ondoan ikusten dira arbasoentzako eskaintzak, Budaren estatua eta gurutzea.
Sintoismoak gauza guztien oinarrizko garbitasuna predikatzen du, eta ideia horrek budismoa uhartean zabaltzen lagundu zuen. Budismoa eta sintoismoa, elkarrekin inoiz nahastu gabe, elkarrekin dabiltza japones gehienen erlijioan. Tenplu budista askok tenplu sintoista bat edukitzen dute beren mugapean, edo halako batetik oso hurbil daude. Japonesek erlijio bateko zein besteko erritualak erabiltzen dituzte beren bizitzako gune seinalatuetan; adibidez: ezkontza zeremonia sintoista izaten da; hileta, berriz, budista.

Ekialdean erlijioa gehienbat meditazio eta bizi arau izaten da. Horregatik gizarte eragin handiagoa izan du Mendebalean baino. Brahmanismoak Indiako gizarte antolamendua itxuratu du eta konfuzianismoak Txinako bizitza politikoa.
Ekialdeko erlijio mugimendu ugarien artetik budismoa aipagarria da, Asiako erlijio handietako bat baita. Budismoa Indian agertu zen, han jaio baitzen Siddharta Gautama, Buda, haren fundatzailea. Segur aski Nepalen, K.a. VI. mendean bizi izan zen printzea izan zen, Gangesko erdialdeko arroan predikatu zuena.
Gaur egun budismoa ia erabat desagertu da Indiatik, baina Zeilanen, Birmanian, Tailandian, Kanboian, Laosen, Vietnamen, Txinan eta Japonian irauten du. Osotara budistak 800 miloi baino gehiago dira.
Budaren dotrinak zuzenean salbaziora ez daramaten ezagutza guztiak gaitzesten ditu, hau da, ber-haragitze prozesutik libratzera. Budak dioenez, desioa, bizitzeko irrika, da izaki bizidunak behin eta berriz haragitzearen arrazoia. Gizakiak lortzen badu bere baitan desio guztiak ezeztatzea, bizi-irrika ere bai, ez da berriz jaioko eta Nirvanan sartuko da. Brahmanentzat nirvana hitzak (iraungipena) aditzera ematen du giza-banakoaren arimak Brahma gorengo jainkoarekin bat egiten duela, bizialdiaren azken buruko estadioan.

Japongo artearen printzipio orokorra ongi islatzen da Suzki Daietsu filosofoaren esaldi honetan: "Edertasuna ez dago forman, formak barnean daukan esanguran baizik."
Fernando García Gutiérrezek dioenez, japongo artearen ezaugarri orokorrak, bere historiako aldi guztietan nola edo hala behin eta berriz agertzen direnak, hauek dira:
- Arteak lotura estua du naturarekin eta maiz haren adierazpena da. Arteak ez du ordea natura kopiatzen, naturak bere baitan duen edertasuneko osagai funtsezkoak hartzen baizik, eta modu abstraktu eta xinpletuan berregiten.
- Arteak funtsean bakuna eta sinplea behar du, naturarekin duen loturaren ondorioz eta horregatik forma abstraktuak erabiltzen dira.
- Arte japonesak forma apaingarriak ditu laket: konposizioa aberatsa da, erritmikoa eta kolorez argia.
- Arte japonesak erraztasun handia du besteren estiloak eta joerak bereganatzeko, bere nortasuna emanaz, ordea.
Guregandik hurbilen dugun arte horren adibidea Iruñeko Jamagutxi parkea da, eta Xabierko gazteluan altxaturik dauden pinturak ere bai.

Japon, Asiako ekialde kostako uhartedia, munduko herrialderik jendetsuenetakoa da. 127 milioi biztanle ditu, 378.000 km2tan banatuak, hau da, km2ko 335 biztanle. Gainera, mendi eta oihan asko daude, eta beraz biztanleria are usuago biltzen da zenbait hiri eremutan. Tokyok, hiriburuak, 8 milioi biztanletik gora ditu eta haren inguruan osotara 31 milioi baino gehiago bilduta daude. Beste 11 hiri daude milioi biztanletik gorakoak.
Japon munduko monarkiarik zaharrena da, eta gaur duen konstituzio demokratikoa 1949an idatzi zen, Bigarren Mundu Gerra galdu ondoren, eta erreforma handiak ezarri zituen.
Orduz geroztik, izugarri azkartu zen Japon modernizatzeko eta industrializatzeko joera, Meiji aroan hasitakoa (1867). 2000. Urtean Japonek munduko Barne Produktu Gordinaren %15 aportatzen zuen eta haren per capita errenta 25.000 dolarretik hurbil zegoen. Munduko hirugarren ekonomia da, USA eta Europaren ondotik.
Japonen kasua oso berezia da bere bizimoduak antz handiagoa duelako Mendebaldeko Europa edo Estatu Batuetakoarenarekin auzoko Asiar herrienarekin baino, nahiz eta bere zibilizazio tradizionalaren funtsari eutsi dion.