El impacto de la vida y la obra de San Francisco Javier fue impresionante en la Iglesia y en la sociedad de su tiempo. Cuando todavía vivía, sus cartas se expandían por Europa como un reguero de pólvora, leídas por papas y reyes, difundidas en colegios y universidades por los jesuitas o empleadas en sermones de cualquier iglesia.
El paso del tiempo sólo sirvió para realzar su figura y acrecentar su influencia. Su fama de santidad era evidente en todo el Oriente nada más morir. Fue beatificado en 1619. El 12 de marzo de 1622 el papa Gregorio XV lo proclamó santo con otros tres españoles (San Ignacio de Loyola, Santa Teresa de Jesús y San Isidro Labrador) y un italiano (San Felipe Neri). Fueron los santos de la Reforma Católica y del Barroco.
San Ignacio y San Francisco Javier fueron las dos columnas, los dos modelos sobre los que se basó la imagen de la Compañía de Jesús, a pesar de contar con muchos otros santos y beatos.
San Francisco Javier es el santo más estudiado y conocido. Más de 3.000 artículos, trabajos y libros se han publicado sobre su persona. Los libros referidos a él o relacionados con su persona superan el millar.
La fama y la devoción que suscitó San Francisco Javier se plasmó en el arte. Desde genios de la pintura y escultura como Zurbarán, Murillo, Gregorio Fernández, Martínez Montañés, Goya o Van Dyck, hasta humildes artistas locales lo eligieron como tema de cuadros e imágenes, sin olvidar grabados o estampas. Todas estas representaciones son fruto de encargos e indican la extensión de su influencia, desde centros de poder hasta lugares perdidos.
El calado profundo de San Francisco Javier se midió también en un hecho singular: fue el único santo de los tiempos modernos que consiguió convertir un apellido y un nombre de lugar, como era Javier, en un nombre de persona. El deseo de imitarle llevó a usar su nombre completo como nombre de pila a partir del siglo XVIII. Francisco de Javier pasó a ser Francisco Javier en todo el mundo y en multitud de lenguas.

A partir del siglo XVI la Iglesia Católica se propuso, como uno de sus objetivos fundamentales, sobrepasar el ámbito europeo de la Cristiandad y extenderse por todo el mundo, conforme éste se iba descubriendo, haciéndose así verdaderamente universal.
Por eso fomentó la creación de misiones y el envío de misioneros a América, Asia y África. Javier fue modelo de todos ellos. En 1748 el Papa le nombró patrono de Oriente.
En 1927 Pío XI le proclamó patrono de todas las misiones católicas y, en 1952, Pío XII, patrono del turismo.
Se pueden encontrar catedrales y templos erigidos en su honor desde la India y el Japón hasta América del Sur o Canadá, además de colegios y todo tipo de instituciones.

En 1622, la Diputación del Reyno nombró a San Francisco Javier patrono de Navarra y así lo ratificaron las Cortes en 1624.
San Francisco Javier se convirtió en signo de identidad para Navarra y los navarros. Miles de navarros han llevado y llevan su nombre, que es el más frecuente en nuestra tierra.
En 1985, una Ley Foral convirtió su fiesta litúrgica, celebrada el 3 de diciembre, en Día de Navarra. Con este motivo, el Parlamento de Navarra, en el preámbulo de la Ley, le calificó como "ejemplo señero de inquietud humana e intelectual, de talante entregado y aventurero, del hombre que no desdeñó dificultades para recorrer las zonas más alejadas de la Tierra. San Francisco Javier es el prototipo de navarro universal abierto a las culturas y a los pueblos del mundo entero, recordado y admirado, todavía hoy, por comunidades de gran número de países en todos los continentes."

La restauración del castillo de Javier a partir de 1892 y su conversión en santuario dedicado a su figura, así como el desarrollo de las comunicaciones y los medios de transporte, han convertido a Javier en un centro espiritual de primera magnitud a lo largo de todo el siglo XX.
La principal manifestación anual de esta devoción es la Javierada, peregrinación que consiste en acudir caminando al castillo de Javier desde todos los lugares de Navarra. Culmina en el rezo del Vía Crucis en los últimos ocho kilómetros, entre Sangüesa y Javier, y en la celebración de una misa al aire libre ante el castillo. Se celebra en dos fines de semana de marzo, el primero entre el 4 y el 12, coincidiendo con la Novena de la Gracia.